Mostostal Warszawa jest pierwszą firmą budowlaną w kraju, która już w 1996 roku uzyskała Certyfikat Zapewnienia Jakości, obejmując swym systemem całą ówczesną Grupę Kapitałową (7 spółek zależnych).

Spółka posługuje się Certyfikatem Systemu Zarządzania Środowiskowego, na zgodność z wymaganiami DIN EN ISO 14001 (uzyskany po raz pierwszy w styczniu 2000 roku), a także Certyfikatem Systemu Zapewnienia Jakości wg wymagań standaryzacyjnych NATO, zawartych w AQAP 110 (uzyskany po raz pierwszy w kwietniu 2001 roku).

W 2019 roku Mostostal Warszawa uzyskał Świadectwa Bezpieczeństwa Przemysłowego wydane przez Agencję Bezpieczeństwa Wewnętrznego: (1) Świadectwo Bezpieczeństwa Przemysłowego I stopnia nr SBPKK005619T wydane w dniu 22.03.2019 do klauzuli TAJNE ważne  do 22.03.2026; (2) Świadectwo Bezpieczeństwa Przemysłowego II stopnia nr SBPNK005819S wydane w dniu 22.03.2019 do klauzuli NATO SECRET ważne  do 22.03.2026; (3) Świadectwo Bezpieczeństwa Przemysłowego II stopnia nr SBUKK005719T wydane w dniu 22.03.2019 do klauzuli SECRET UE/EU SECRET ważne  do 22.03.2026. Dzięki tym świadectwom Mostostal Warszawa może bez ograniczeń, samodzielnie brać udział w przetargach związanych z dostępem do informacji niejawnych oraz realizować kontrakty o klauzuli TAJNE, NATO SECRET, SECRET UE/EU SECRET ogłaszanych przez instytucje państwowe Rzeczpospolitej Polskiej, jednostki organizacyjne Traktatu Północnoatlantyckiego, jednostki organizacyjne Unii Europejskiej oraz instytucje państwowe państw NATO lub UE (dotyczy przetargów i realizacji kontraktów realizowanych na rzecz NATO i UE).

Obecnie Spółka posiada Zintegrowany System Zarządzania uwzględniający wymagania: Systemu Zarządzania Jakością wg PN-EN ISO 9001:2015, Systemu Zarządzania Środowiskowego wg PN-EN ISO 14001:2015, Systemu Zarządzania Bezpieczeństwem i Higieną Pracy wg PN-ISO 45001:2018, certyfikowanego przez TÜV NORD, a także System Zapewnienia Jakości wg AQAP 2110:2016, certyfikowany przez Centrum Certyfikacji Jakości.

Mostostal Warszawa SA posiada koncesję na wykonywanie działalności gospodarczej w zakresie usług ochrony osób i mienia realizowanych w formie zabezpieczenia technicznego.